为了啃下这块硬骨头，朱允炆将卓敬任命为江南布政使，王艮任命为浙江布政使，主持两地政务，还将周新这个“冷面寒铁”派下去，进行督查。
为了有效的清查土地，朱允炆以户部、都察院的官员组成联合清查小组，划分地域，进行全面的清查，为了弥补人手不足的问题，朱允炆抽调了太学、京师大学、陆军大学、海军大学的学生，参与清查；甚至某些没有具体职衔的翰林院翰林们也被抽调出来，参与到轰轰烈烈的土地清查当中去。
为了防止地主勾结当地官吏，欺上瞒下，朱允炆实行问责制，限期官员完成清查，如果到期无法完成，就地免职，而清查工作中表现突出的翰林以及学生立刻上岗，继续推进清查，半点也不会耽搁。
即使这样，朱允炆依然有些不放心，他还鼓励告密，如果某人隐瞒地产被举报，那么不仅其隐瞒的土地被没收，还要承担巨额的罚金，而举报人则会得到丰厚的奖赏，最高奖赏额度为其举报额的一半。
至于调查局、安全局这些鹰犬，朱允炆自然也不会让他们闲着，统统派出去刺探情报，打击贪官污吏，打击土豪劣绅。
凡此种种，不一而足。
一时间，清查土地轰轰烈烈，地主老财怨声载道，民怨沸腾，某些老财们甚至还雇人在报纸上发表文章，控诉清查官员的横征暴敛，鱼肉百姓。
对此，朱允炆命令宣传部门加大审查力度，同时对暴露出的问题及时查处，并在报纸上及时公布。
即便如此，朱允炆也没有挽回自己的名声，某些士绅不敢公开抱怨，就写在笔记、小说，甚至一些戏曲里，让后世的史学家们如获至宝，认为发现了关键证据，发现了建文帝“荒淫好色、奢侈无度”的铁证，只可惜，这也是没法子的事情。
对于这些情况，朱允炆心知肚明，所以他非常谨慎，将瞿能、曹玉书调回京师，主持京师防务，同时命令护卫京城的三个近卫军取消休假，随时准备出动，镇压一切叛贼。
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