幕府的建立，意味着武士阶层的崛起，但同时也意味着国家的分裂，从此倭国失去了统一的税收、财政和军队。
幕府的建立者们对这一点非常清楚，但他们并不反对。
镰仓幕府的财政情况虽然好于室町幕府，但远不如德川幕府，其经济来源主要有三个：
一、“关东御领”，即朝廷赏赐给源赖朝个人的五百多处庄园；
二、“关东御分国”，指朝廷把伊豆、相模、上总、信浓、越后、骏河、武藏、下总八国的国司任免权下发给源赖朝，可由幕府推荐御家人担任，并可由幕府直接解职；
三、“关东进止所领”，这是源赖朝的岳父北条时政争取来的，幕府可在很多庄园和公领中设置地头的权力。
从这里可以看出，镰仓幕府的经济基础是如何的薄弱了，它控制的封国都在关东，经济基础较差，而且数量太少，只有八个，而九州一岛的封国就有九个之多。
所以镰仓幕府是在玩着一个以小博大的游戏，它是在用很小的力量、大义的名分控制着一个国家，武士们对幕府的支持，只是因为幕府能够保护、维持他们的利益，仅此而已。
而后世的德川幕府则要强大许多，德川幕府控制全国四分之一的粮食产区，控制着金银铜的铸币权，还控制着大阪、京都、江都等重要城市，所以其统治基础是非常稳固的。
不仅如此，地处关东的德川幕府还采取了闭关锁国政策，彻底断绝了西部封国通过贸易增强实力的途径，最大化的消除了不稳定因素。
所以，经济实力薄弱的镰仓幕府，在外来力量的侵袭下，不堪一击。
元朝，对于倭国来说，是个难以想象的庞然大物，但倭国却决定不惜一战，这是倭国的风骨，也是镰仓幕府的丧钟。
从至元五年，元世祖忽必烈派使者前往倭国，到至元二十三年，元世祖放弃征倭为止，这十六年的时间里，倭国虽然击败了元军的两次入侵，却背上了沉重的财政负担，无论是战前编组、工事修筑、战争损失、战后犒赏，以及长期的枕戈待旦，都大量的耗费了这个倭国的资源。
但是，镰仓幕府作为全国的统治者，不得不负担起填补这个窟窿的重任，只可惜，幕府的力量没有那么大。
与元军奋战最英勇的、损失最惨重的，都是幕府的亲信——御家人，是幕府的中流砥柱，但幕府不仅无力对其进行犒赏，甚至连对其战损进行补充都无法做到，这深深动摇了幕府的统治基础。
这些忠心的御家人陷入困境，部分人困苦不堪，不得不向高利贷者借贷，进而失去了土地、财富，另一部分人则铤而走险，蚕食公家土地，填补亏空，幕府不敢阻止，久而久之，这两部分人都不再忠心于幕府，幕府的根基从此开始动摇。
对于幕府的困境，皇室看在眼里，热在心头，后醍醐天皇决定“倒幕”，经过一系列的战争，镰仓幕府灭亡，后醍醐天皇重新确立了天皇独裁制度。
只可惜这个时间太短暂了，第二年，足利尊氏就反叛了，第三年，足利尊氏成立幕府，也就是室町幕府。
一般来说，世人都有畏难情绪，但是有些人偏偏喜欢迎难而上，因为他们知道，困难越大，最终解决后，收益也越大。
镰仓幕府，或者说源赖朝，面对是把持大半个国家的平家，所以击败平家之后，平家丰厚的遗产都是他的战利品，他可以将自己的心腹安插到全国，从而建立自己的武家政权。
但是室町幕府则不同，其对手是一心倒幕的皇室及其少量爪牙，还有一些意见不同的同族，击败这些人，对幕府的经济、军事实力的补益可以说微乎其微。
为了迅速结束战争，室町幕府不得不对各地的大名进行妥协，因此在对各地大名的控制上，室町幕府远不如镰仓幕府，所以，室町幕府本质上是各地强力大名的联合政权，这些已经从镰仓幕府那里获得了土地、财产的大名们，并没有对室町幕府感恩戴德，只是承认其权威而已。
所以幕府将军并没有绝对的权威，而足利义教的惨死，就在于其想树立将军的权威，只可惜他失败了，死了！
室町幕府著名的三管领分别是斯波氏、细川氏和畠山氏，他们都是足利氏的同族，也是足利家族的同盟者，其中细川氏控制四国、近京畿的土地，畠山氏控制关东中部的土地，斯波氏控制关东东部的土地，而幕府直辖的领地非常少，只有分散于各地约两百余处的直辖地“御料所”；同时在畿内的交通要道设置“关所”，征收关钱；除此之外还有一些杂税。
正因为财政的匮乏，足利义满非常希望和明国保持良好的关系，通过与明国的贸易来增加收入，为此不惜向明国称臣，但是反对者甚多，足利义持、斯波义将是其中的佼佼者，细川赖元和畠山满家等人，则保持观望态度。
对于其中的原因，足利义满心知肚明，这些同族并不希望足利家过于强大，他们更希望保持现状，这一点，足利义满能够理解，但却不可能接受，只可惜长子足利义持如同被洗了脑一般，一口一个“吾国从未臣服于人”，根本听不进去自己的话。
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