再次，由于近年来朝廷开海禁、征商税、修道路等等新政的推行，也出现了许多新问题，比如海商与市舶司勾结，少交和不交税款；征商税导致某些地区的物价虚高，百姓生活困难；修路需要采购大量水泥、青砖，因为缺乏足够的监察，腐败事件屡屡发生，修建的道路质量参差不齐，路面碎裂、坍塌之事屡有发生；最后朱允炆考虑到粮长制度的弊端，取消了粮长转运制度，动用驻军负责转运，但这带来了新问题，军将对士兵的使用更是登峰造极，虽然朝廷配发了足够的口粮，但是竟然出现了士兵饿死的现象。种种乱象，层出不穷。朝堂之中，抨击朱允炆轻率，主张恢复洪武旧制的呼声不绝于耳。
有些事情朱允炆可以容忍，有些事情朱允炆不能容忍，比如浙江海商柳家勾结宁波市舶司提举蔡祥，偷税漏税达二十三万五千余两，更要命的是，许多官员都知道此事，却不以为意，反而认为蔡祥是好官，不与民争利，直到一年后才被监察御史郑逢恩发现并举报，可是这个郑逢恩却受到百官攻歼，苦不堪言，甚至打算辞官不做，还是朱允炆好言安慰，才将其勉强留下。
最后，建文三年也是一个多事之年，河南蝗灾、黄河决口、山东大水、河北白莲教叛乱，殃及大河南北，朱允炆令长兴侯耿璇坐镇开封，安远伯瞿能坐镇济南，阻止乱民南下，令历城候盛庸全力镇压，这些都牵制了朝廷的精力，驸马都尉梅殷调集五万军队跨海征战乐浪，导致山东空虚，朱允炆不得不调集京军北上，以防生变。
为赈济灾民，朱允炆分两步走，采取以工代赈和移民相结合的办法，工部尚书宋礼浚通运河和清理山东水患，养活了大量灾民；还有一部分灾民被移民到河北和辽东。至于最后镇压的白莲教叛军，除贼首斩首外，朱允炆则将其分批迁往辽东、绥远、西北和西南安置。
所以建文三年时，大明实际上并没有能力和朝鲜打一场全面的战争，只是靠恐吓手段才获得了一片土地而已，朱允炆更多的时间是用来处理内政。
首先为强化对军队的控制，朱允炆推出了酝酿已久的军衔制，参考了后世的制度，分为将校尉三级，具体细化为上将、中将、少将、准将、上校、中校、少校、上尉、中尉和少尉，具体人选经过五军都督府、兵部和军机处的筛选，并经朱允炆亲自确认，最终确认了授衔的标准，卫指挥使一级为上校，千户为中校或少校，百户为上尉，总旗、小旗则分别为中尉、少尉；都指挥使为准将，其下的同知、佥事则根据情况授其为准将或上校；将军军衔基本只授给伯爵爵位以上的武将，但这里面也分了级别，少将基本都是伯爵，中将基本为侯爵，上将为公爵，但对于世袭的情况，一般是降一级，所以最后拥有将军军衔的不多，如上将只有三名平安、徐辉祖、常升；中将最多，大致有有历城候盛庸、长兴侯耿璇、曹国公李景隆、西平侯沐晟、西宁侯宋晟、驸马都尉梅殷等人；少将有安平伯李远、安远伯瞿能、何福等人；其他的宋瑄、吴升、张伦、曹玉书等伴读出身和近卫军将领都为准将。
其中常升最特别，正常应该是中将，但他有一个国舅的头衔，其姐是朱允炆的嫡母，自燕王之乱后，没有出京，主要负责京师的防务。
在颁布军衔的同时，朱允炆规定彻底的文武分治，文官不许统军，统军者必须拥有军衔，将级军衔需要皇帝亲自授予，只有得到将军军衔才有资格独立统军。
其次对于藩王的处理，朱允炆都是派钦差去查明实情，根据情况给予不同的处罚，秉承自愿的原则，比如楚王被削夺了两卫，湘王被削夺了一卫，代王令其抚恤百姓和卫所士兵，不得再犯等等，这些藩王倒没有寻死觅活，也没有想要造反的。
对于朝臣对新政的攻击，朱允炆却咬紧牙关，极力支撑，针对腐败贪腐的情况，令按察司在各地成立反贪局，专门负责处理各种腐败受贿案件；针对市舶司的乱象，朱允炆将市舶司改名为海关，设立海关总署，由翰林学士杨士奇担任署长，直属皇帝；最后为了解决卫所官兵世袭，腐败的问题，一方面在卫所内设立宪兵司，专门处理违纪事件；另一方面，逐渐裁撤内地卫所，择优为军，老弱为民。
关于官员贪污现象突然增多的现象，朱允炆有些不解，最后在闲谈中，被解缙一语道破，其中的原因就在于官员的权力变大了，受贿的范围从官员、士绅增加到商人，而且修路之前都是由朝廷督导，现在变成地方官督导，自然会出现问题。有的地方官是不懂，所以被人蒙骗；有的地方官则是起了贪心，他们不敢收官员的贿赂，但是敢收商人的贿赂。
朱允炆恍然大悟，却没有什么好办法，只能命令加大监察力度而已，在农耕时代，养活不起太多的官员。
为了让百官明白发展商业和税收的意义，朱允炆把后世看过的一些书，如亚当斯密的《国富论》、李嘉图的《政治经济学和赋税原理》等书，摘取了一些，撰写成书，让国子监的学生学习和讨论，这在学子中引起了广泛的争论，有的人认为这种研究方式很特别，很有意思，有的人则认为是奇谈怪论，但是因为是皇帝提倡的，学习的人也慢慢多了起来。
而一些商人听说此事之后，也出钱找人在报纸上宣扬商业的好处，比如雇佣人手解决了百姓温饱，交税促进国家富强，通过改进工艺，降低了商品价格，降低了百姓的生活成本等等；但是许多地主、文人看不过眼，也纷纷撰文抨击商人囤积居奇，不顾百姓死活，偷税漏税等等不法之事，这自然也让商人不满，也纷纷抨击地主荒年不减地租，导致百姓卖儿卖女以及一些文人享受着国家的优惠，却整日花天酒地，欺压良善等等。
这些争论导致了报纸这个行业的迅猛发展，随着争论的愈演愈烈，朝臣开始主张禁绝报纸，朱允炆虽然没有采纳，却也没有放任自流，趁势成立了新闻总署，署长为杨荣，直属文渊阁，负责检查报纸中的违禁情况，比如谩骂皇帝、宣扬造反是坚决不可以的。
这些争论虽然没有形成什么定论，但是却让大明开始反思士农工商在国家中所起的作用，这一切都在逐渐的改变这个国家。
喜欢建文天下请大家收藏：(www.qqhh8.com)建文天下前前后后更新速度全网最快。